点题：与女儿团聚、救总统于水火、铲除危害国家安全的奸党，Fisher实现了自己职业生涯的又一个大满贯。然而，神秘的Megiddo究竟是何方神圣？不甘心失败的他们又在计划着怎样的新阴谋？大坑已经挖下，看来SCC还不是大叔的谢幕演出。
【射手】“射手” （Archer）是国家安全局“第三梯队”（Third Echelon，3E）组织的特工Daniel Robert Sloane-Suarez的行动代号，他是继Fisher之后的又一名“分裂细胞”特工。Daniel出生于一个西班牙裔美国家庭，从小就表现出了超越同年龄人的天资。与绝大多数3E外勤人员不同的是，Daniel并没有军事背景：从哈佛大学获得经济学学位后，他进入国安局从事情报工作。超强的分析能力，使他总能从表象中看到更多。在铲除恐怖组织格拉斯解放前线（Grass Liberation Front）的行动中，Daniel立下大功，从而被提升为高级数据分析员。
事业上的成功并没有为Daniel提升成就感：他愈发对国安局的教条和官僚主义感到无法忍受。就在此时，3E的情报分析员Anna Grimsdottir给了他一个机会——成为“分裂细胞”，运用“第五自由”打击恐怖主义。18个月后，Daniel通过了训练，在一系列官方不予承认的行动中，这个“书生特工”的表现连那些特工战线上的老手也刮目相看。这一次，他得到任务，与俄国情报系统秘密组织“乌鸦”（Voron）的特工一道，调查即将运送到美国本土的EMP炸弹。尽管与对立组织的特务一道合作让他感到不快，并且整个任务的情报也有诸多疑点，但他依然登上了飞往莫斯科的货机。
【茶隼】“茶隼”（Kestrel）是俄国秘密情报组织“乌鸦”的特工Mikhail Andreyevitch Loskov的行动代号。Mikhail的成长史就是一部血泪史：6岁时，父母在一次车臣恐怖分子的炸弹袭击中丧生。养父母对他实施了长期的虐待，在14 岁时，正值叛逆期的Mikhail将养父暴打一顿，愤然离家出走。他在圣彼得堡街头流浪，靠盗窃和抢劫为生。
18岁时，他被当地警察逮捕，随后被送往高加索地区服兵役，这种养尊处优的年轻人无法忍受的生活，让Mikhail第一次找到了人生目标。第一次车臣战争中，Mikhail所在的连队在格罗兹尼遭遇伏击。遭受了长达3天的非人折磨后，Mikhail依然没有对叛军吐出任何有价值的情报。之后一群Spetnaz特种部队攻入营地，将 Mikhail营救。俄国情报局（SVR）官员Viktor Kobalev阅读了整个事件的报告，对Mikhail的忠诚和超人忍耐力印象深刻，随即将其收入麾下，成为“乌鸦”的一份子。
【故事线】3E宣称获得了这样一则情报：俄国恐怖分子即将把前苏联军火库中窃取的电磁脉冲炸弹（EMP）部署到美国本土实施袭击。为了避免国际纠纷，俄国政府同意3E特工在本土实施行动，他们也派出了顶尖特工“茶隼”予以协助，同时监视其行动。两名特工的合作在莫斯科的地下设施开始，首要目标是抓获俄罗斯参谋部情报局（GRU）官员Rebko，获得关于失窃EMP炸弹的下落。
完成任务后，“茶隼”和“射手”将炸弹运往一架3E派来的民用货机。任务有惊无险，总算顺利完成。还没时间同自己的生死搭档寒暄几句，“射手”的耳机中就传来了“杀死‘茶隼’”的指令。“为什么要将俄国失窃的武器运回美国？”“为什么要将合作伙伴灭口？”已经没有思考这些问题的时间，因为“茶隼”也从“射手”的通讯器屏幕上看到了这条指令。两名特工在黑暗的机舱中捉对厮杀，一人倒在了血泊中，一枚罪恶的子弹随后也射穿生还者的头颅。“鹬蚌相争，渔翁得利”，3E的爪牙——黑帮老大Andriy Kobin的狰狞面目从黑暗中浮现出来，还在冒着硝烟的枪口，宣布着一个惊天阴谋的启动。
【Tom Reed】还记得在《双重间谍》的故事里，在铲除美国本土组织JBA的行动中，3E的前任主管Irving Lambert不幸阵亡，冷血悍将Thomas Jeffrey Reed接任了他的职位。Reed出生于加州首府萨克拉门托的一个贫民家庭，美国空军学院毕业后，他成了美国空军情报、监视和侦查剖析部（Air Force ISR）的数据分析员，由于表现优异，被抽调到新成立的空军网络战司令部（AFCYBER），阻止过多起针对美国的大规模网络攻击。3E成立后，他自愿调往这一部门。心理报告显示，Reed是个充满自恋情结，且控制欲强烈的人，但以前在Lambert手下，Reed给人留下的印象，只有一丝不苟的工作作风和冷酷的面容。
Reed上任后即展露了野心：他决心扩大“第五自由”的使用范围，升级“分裂细胞”特工的规模，将3E提升为凌驾美国各大情报机关乃至整个国家机器的“上帝”，以超常规手段彻底剿灭恐怖主义。他的野心被女总统Patricia Caldwell察觉，总统决心搜集证据关闭3E，察觉到自己的无上权利即将灰飞烟灭时，Reed打算先下手为强。
【Anna Grimsdottir】Reed上任后几乎更换了Lambert时期的全部人马，Anna却是一个例外：他非常信任这个与自己有着相同成长经历的情报分析员，Anna也在多次任务中表现了对新长官的忠诚。事实上，Anna是女总统Patricia Caldwell安插的内线，一面汇报Reed的行动，一面搜集可以扳倒新“老板”的有力证据。但此时3E已经全面落入Reed的控制，以数据分析员的身份，Anna很难独立展开调查，稍有不慎就会带来杀身之祸。于是，Anna想到了因为女儿惨死心灰意冷，从此浪迹天涯的Fisher大叔……
【Andriy Kobin】Kobin是一名穷凶极恶的欧洲犯罪集团首脑，同时也是个灰色人物——他与3E有密切合作关系，官方希望利用这个黑帮大佬去执行一些不被承认的行动。在EMP失窃事件中，他租用一架民用货机前去“接应”两名特工，然后在货仓中将他们灭口（游戏里在Kobin的宅邸中，Fisher可以找到两只尸袋，其中装着的正是“射手”与“茶隼”的尸体）。获知Fisher在马耳他后，Reed遂下令Kobin派人解决掉这个眼中钉。
【故事线】 Anna知道，唯一能让Fisher重新出山的方法，就是给予他一个为爱女Sarah复仇的机会。于是她一面向Reed宣称Fisher了解EMP失窃事件，一面联系到Fisher，谎称杀死Sarah的凶手就在马耳他，与Reed一道精心设置了一个完美的诱捕行动。对Reed而言，他急需通过 Fisher知道EMP失窃的泄密渠道，以及还有多少人知道了他的阴谋。对Anna来说，这次诱捕的真实目的就是获得一个可以和Fisher面谈，请求他为总统的特别行动提供支援的机会。但在3E的监控下，如果不采用这种计中计的方式，任何与大叔的联系都会造成自己的“泄底”，这就是马耳他行动的真实意图。
以Kobin作为诱饵，果然激起了Fisher的满腔仇恨，在宅邸中，Fisher将Kobin揍得鼻青脸肿，但却得到一个匪夷所思的信息：Kobin说自己早就知道Fisher会找上门来，“他们”已经恭候多时了。尽管此时Fisher意识到这是一个圈套，但已经为时已晚：一群“分裂细胞”特工从天而降，Fisher不得不在Anna的“劝说”下放下武器。被麻醉后，人事不省的Fisher被押往弗吉尼亚州由私人军事公司“黑箭”控制的 Price机场。
在这里，Anna向Fisher揭示了自己的真实身份，并且希望得到Fisher的帮助。被拒绝并没有出乎Sarah的意料，于是她拿出了让Fisher大吃一惊的情报：原来Sarah并没有死，她正在Anna的保护中！Fisher并没有欣喜若狂，因为Sarah死讯是他最信任的Lambert亲口告知的，相比Anna，Fisher更愿意相信Lambert。可Fisher最终还是相信了Anna——谁能放弃让自己的挚爱死而复生的机会呢？
【Victor Coste】Victor Coste是Fisher的军中战友，他也是Fisher回到美国后唯一信任的人。在逃出Price机场后，Fisher立刻拨通了挚友的电话求助。
这里有一段历史：1991年的海湾战争时期，Fisher和Coste都是“海豹”特种部队的一员，在迪瓦尼耶（Diwaniya），两人所在的小队遭遇伏击，结果Fisher被俘。Coste拒绝执行撤退命令，只身一人找到了Fisher，在空军火力支援的帮助下，两人成功从虎口中逃脱。20年后，Coste与他的前任长官成立了一家安全顾问公司，从事电磁研究的“白盒”实验室（White Box Technologies）正是他的前客户，同时也是Fisher的调查对象。得知Fisher的境遇后，Coste毫不犹豫地向老友伸出援手。
【故事线】为了保险起见，Fisher选择在华盛顿纪念碑下举行的大型嘉年华中与Coste见面，但到达游乐场，Fisher发现至少有3名特工在跟踪 Coste的行踪，看来他们已经预料到了Fisher首先会去找谁。
打发掉几个盯梢，两位多年未见的生死战友终于见面，简单的寒暄后，Coste 告诉Fisher，自己曾经的前客户“白盒”被一个名叫Lucius Galliad的人收购，他同时也是“黑箭”的老板，他将整个实验室的领导层全部被解雇，只留下了科研人员。大量实枪荷弹的“黑箭”佣兵，以及“白盒”正在紧锣密鼓中进行的EMP研究，使看似毫无头绪的调查工作有了明确的方向。还没有来得及感谢Coste的无私帮助，“黑箭”佣兵伪装成城市救援人员，以游乐场附近出现瓦斯泄漏为由驱散了这里的游客，准备解决掉Fisher。再度逃脱后的Fisher的下一个目标，就是“白盒”。
遗憾的是，Fisher晚来了一步——“黑箭”已经将改造完成的EMP炸弹运走，剩下的佣兵正在负责毁灭证据和屠杀参与此事的研究人员。Fisher的调查陷入了死胡同，唯一剩下的线索，就是“白盒”的新老板。Anna分析了Fisher上传的计算机数据，发现Lucius Galliad与Tom Reed私交甚密。至此，整个阴谋的管理层、执行层和支援层已经付出了水面：3E与“黑箭”实为蛇鼠一窝，然而这个阴谋的目的、实施方式以及它的执行时间究竟是什么？通过日程表交叉比对，Anna发现Reed和Galliad即将在于林肯纪念堂会面。此时总统准备给予Fisher支援，特勤局探员给了大叔一张记者证，帮助他混进会场。
【Megiddo】Megiddo是《定罪》中引出的一个势力遍布全世界的神秘组织，地位类似于《潜龙谍影2》中的“爱国者”。他们对全世界的政治、经济和军事有着重大的影响力，但只有极少数权贵才知道他们的存在。女总统Caldwell由于拒绝合作，而成为了他们急于铲除的对象。
【故事线】在林肯纪念堂的会面中，Galliad以自己是 “Megiddo的人”自居，对Reed出言不逊，他没有料到的是，Reed是Megiddo安插到美国政府高层中的一个内鬼，也是此次阴谋的执行者。 Reed离开后，Fisher将Galliad制服，并且审问到了重要的情报：“黑箭”已经在华盛顿安装了3枚足以覆盖全城的EMP，利用电磁脉冲瘫痪整个华盛顿的电力和通讯系统，具体的行动时间就在当晚！正当Fisher希望得到进一步情报时，Galliad被一名伪装成摄影师的杀手爆头，随后这名杀手也被汽车炸弹轰上了西天，一条线索彻底中断……
